> Offres de formation > Offres de thèses

Traitement numérique par graphes neuronaux pour l'analyse des interactions cellulaires

Défi technologique : Technologies pour la santé et l'environnement, dispositifs médicaux (en savoir +)

Département : Département Microtechnologies pour la Biologie et la Santé (LETI)

Laboratoire : Laboratoire Systèmes d'Imagerie pour le Vivant

Date de début : 01-09-2022

Localisation : Grenoble

Code CEA : SL-DRT-22-0656

Contact : cedric.allier@cea.fr

La compréhension d'une culture cellulaire passe par l'analyse des cellules mais aussi et surtout par l'étude de leurs interactions. Les cellules ne cessent d'agir les unes sur les autres. Ce sont ces interactions que nous proposons d'étudier pour comprendre la population cellulaire dans sa globalité. A ce jour, la microscopie digitale se concentre sur l'analyse des cellules telles des objets isolés et n'appréhende que très peu les interactions cellulaires. Pour dépasser cet état de l'art nous proposons de mener de nouvelles analyses au moyen des ?Graph Neural Networks' couplés à la microscopie digitale. Ces graphes pourraient caractériser les cellules centrales qui ont un rôle fortement structurant (homéostasie) ou déstructurant (maladie). En particulier, les cellules ayant des interactions différentes de la population cellulaire normale pourraient être identifiées comme déviantes ou malignes. Pour établir ces nouveaux ?Cellular Graph Neural Networks', nous nous appuierons sur la vidéo-microscopie sans lentille développée depuis dix ans dans notre laboratoire qui est à même de fournir de grands jeux de données. L'objectif est d'obtenir des ?Cellular Graph Neural Networks' à même de prédire la destinée des cellules au sein d'une population. Dans le but ensuite d'utiliser ces réseaux pour la classification cellulaire, comme outil de simulation de culture cellulaire, pour intuiter de nouvelles lois en Biologie cellulaire, etc. Le candidat devra disposer d'une formation en Mathématiques appliquées avec une spécialisation en deep learning.

Voir toutes nos offres Télécharger l'offre (.zip)

Email Bookmark and Share