iDentification de bActéries pathogènes et déTermination de leur étAt de viabilité par microSpectroscopie Raman coupléE au marquage isoTopique (DATASET)

L'identification d'espèces bactériennes est un enjeu important dans un contexte d'évaluation du risque sanitaire, mais souvent insuffisant. En effet, la présence de bactéries VNC (Viable Non Cultivable) pose problème car elles ne peuvent pas être détectées par les techniques microbiologiques classiques, qui reposent sur la culture du pathogène ciblé. Cependant elles restent potentiellement pathogènes dans des conditions favorables. C'est le cas en particulier de la filière de la pêche. Ces formes VNC apparaissent suite à un stress comme le salage, le fumage, les opérations de désinfection. Il apparait donc intéressant d'aller vers de nouvelles technologies comme la micro-spectroscopie Raman qui peut fournir une information détaillée de la composition chimique globale d'une cellule bactérienne unique, de manière rapide et sans culture. En outre, si elle est couplée à un marquage isotopique, elle pourrait permettre de mesurer l'activité métabolique. L'objectif de la thèse est donc d'explorer les potentialités du marquage isotopique couplé à la spectroscopie Raman pour déterminer si cette approche permet de détecter effectivement les cellules viables non cultivables (VNC). Les travaux mettront en oeuvre des dispositifs optiques existants, et conduiront à une optimisation des protocoles tant microbiologiques que du système optique pour acquérir les spectres, le tout en matrice alimentaire. Des algorithmes de traitement devront être développés. Le candidat doit être titulaire d'un diplôme d'ingénieur et/ou Master en microbiologie, avec de très bonnes connaissances de l'instrumentation pour ce domaine. Un intérêt pour la biophysique, l'optique et le traitement du signal est souhaitable.